畜禽养殖会产生了大量粪便，畜禽粪便中含有大量氮、磷和有机污染物等，如果畜禽粪便随意堆放，容易随雨水进入水系。这导致畜禽粪便成为继工业污染、生活污水垃圾污染之后的人类世界第三大污染源，是造成一些农村环境污染的主要原因。
粪便污染还是之后三种污染的源头。
其次是水质污染。
畜禽养殖场对水体的污染主要为有机物污染、微生物污染、有毒有害物污染。
养殖污水不经过无害化处理直接排放到沟渠或者开放水域里的话，由于这些污水中氮、磷含量丰富，极易造成水体富营养化污。高浓度的污水排入河中，造成水质不断恶化。
污水对周边人类的生产生活带来极大影响，甚至对饮用水源地构成严重威胁。在中国的春秋时期及以前，像晋国、殷商都多次搬迁都城，据考证就是因为大量包含人畜排泄物的垃圾导致环境恶化、水体污染，人民不得不搬离旧都。
再次是大气污染。
畜禽粪便经过发酵后会产生大量的氨氮、硫化氢、粪臭素、甲烷等有害气体，这些气体不但会破坏生态，而且还会直接影响人类健康，引起咳嗽、气管炎和支气管炎等呼吸道疾病，不仅威胁着养殖场的安全，更危及养殖场员工和周边居民的身体健康。