自知无法攻至上杉军本阵的浅井长政只好返回小谷城本丸后自刎而亡。
不久后，浅井久政所据守的京极丸也被小岛贞兴率军攻破，浅井久政在浅同族重臣井惟安的介错下切腹自尽。
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浅井惟安、森本鹤松大夫（浅井家舞乐师）等人也在浅井久政切腹后先后自尽。
站在丁野丸箭橹上的上杉氏虎望着小谷城本丸、京极丸燃起的熊熊烈火，不禁为浅井一族而感到惋惜。
而浅井长政先前送出城外的儿子浅井万福丸于与吴湖一带被阿闭贞征所部武士擒杀，浅井一族嫡流绝嗣。
至此，成为割据北近江诸郡战国大名的浅井家仅仅历经三代而亡。南近江诸郡只剩下织田家次席家老柴田胜家还在苦苦支撑着。
在所向披靡的上杉军面前，柴田胜家还能苟活多久？
答桉可想而知。
而后，上杉氏虎就留斋藤朝信镇守小谷城，进行善后工作，并将浅井久政、浅井长政、浅井万福丸等浅井一族之人的首级送往京都告捷，自己则是以矶野员昌、阿闭贞征、新庄直赖、宫部继润、安养寺氏种等北近江诸将为先阵，向南近江诸郡发起侵攻。
不仅如此，上杉氏虎还要求镇守尹贺一国的直江景纲出兵北上，与自己夹击驻守在南近江诸郡的织田家诸将。
柴田胜家、森可成、中川重政、仁木义视等人在得知小谷城被上杉军攻落后自知无力抵挡上杉军的侵攻，便打算收缩防线，主动放弃甲贺郡、栗太郡、野洲郡等地，将仅剩的兵力全部用于固守观音寺城、长光寺城两地，准备坚守至织田信长的回援。